De 1995 à 2005, le cadre légal et réglementaire de la microfinance s'intégrait au dispositif global applicable aux banques et établissements financiers à Madagascar. Ce dispositif faisait référence à la loi bancaire n°95-030 du 25 février 1995 qui instituait 5 catégories d'établissements de crédits, dont les Institutions Financières Mutualistes (IFM).
La loi 96-020 du 04/09/96 précisait les dispositions de cette loi bancaire, pour ce qui concernait les activités et l'organisation des institutions mutualistes.
La loi bancaire a créé la CSBF (la Commission de Supervision Bancaire et Financière) qui est l'autorité de supervision et de contrôle de toutes les catégories d'établissement de crédit, dont les institutions de microfinance.
Devant les limites de ce cadre légal qui restreignait l'exercice de la microfinance aux institutions de type mutualiste, la loi 96-020 a été abrogée et une nouvelle loi, spécifique à la microfinance a été adoptée en 2005, loi 2005-016 du 29 Septembre 2005.
Cette nouvelle loi régit l'ensemble des systèmes de microfinance malgache. Elle a notamment apporté une définition des activités de microfinance et introduit les institutions de microfinance comme nouvelle catégorie d’établissement de crédit.
Elle a fait l’objet de deux décrets d’application (N°2007-012
et 013)
et sept instructions dont les dernières ont été adoptées fin 2007. Les deux décrets portent sur la fixation du capital minimum des établissements de crédit et de la valeur nominale des titres de participation et fixent les formes juridiques des institutions de microfinance ainsi que les modalités de leur immatriculation au Registre du Commerce et des sociétés. Les sept instructions sont relatives aux opérations des IMF, à leurs classifications, à leur agrément et licence, à la définition de la maturité des crédits qu’elles octroient et à leurs modes d’organisation et de contrôle.
Cette loi distingue trois niveaux d'IMF, progressifs en fonction de la taille, de la complexité et du volume des opérations et selon qu'elles collectent ou non les dépôts de leurs membres ou du public. Aux différents niveaux d'IMF et des risques afférents est prévu d’être adossé un dispositif de contrôle adapté. Jusqu’au premier trimestre 2008, aucune IMF n’a obtenu d’agrément ou de licence correspondant à cette nouvelle classification. Les IMF mutualistes doivent également faire une nouvelle demande d'agrément.
Les IMF de niveau 1 sont soumises à la “surveillance” de la CSBF par délégation (reconnaissance d'un dispositif de contrôle interne en phase avec la portée des risques) tandis que les IMF de niveau 2 et 3 sont soumises à la “supervision” de le CSBF et au respect de normes prudentielles et de règles de gestion.