Jusqu'à aujourd'hui, chaque type d’IMF a son association professionnelle, l’APIFM pour les mutualistes créée en 1998 et l'AIM pour les non mutualistes créée en 1999. Les OFP n’ont pas d’association professionnelle. Certaines OFP s’identifient à l’AIM.
L’AIM et l’APIFM sont chacune une structure de représentation et de défense des intérêts collectifs de leurs IMF membres. Chacune met en œuvre des services d’intérêt commun et contribue à la capitalisation des expériences par la diffusion des bonnes pratiques et la promotion de la transparence en microfinance.
Chaque Association professionnelle est indépendante vis-à-vis des autorités de tutelle et de supervision.
L’APIFM a comme membres les 9 IMF mutualistes citées auparavant (CECAM, 5 OTIV, TIAVO, AECA, ADEFI). L’APIFM a été accompagnée par le projet d’appui à la microfinance, financé successivement par le BIT et la Banque mondiale. Elle a joué un grand rôle dans l'accompagnement de ses membres pour s’institutionnaliser et obtenir leurs agréments.
En revanche, l’AIM n’a pas véritablement reçu d'appui financier externe. Les IMF non mutualistes qui voulaient se formaliser ont adopté un statut de SA et ont été agréées comme Etablissement financier.
Dans le cadre de la révision de la stratégie nationale de la microfinance (2007), il est prévu la fusion des deux associations professionnelles.
L’AIM a 10 membres, à savoir la SIPEM, VOLAMAHASOA, SAF-FJKM, EAM, PAIQ-APEM, SOAHITA, HAINGONALA, CEFOR, CARITAS, MAHAVOTSE.

